Juan Ayuso ha vivido una temporada 2025 extremadamente movida. Quitando a Tadej Pogacar, debe ser una de las personas de las que más se ha hablado este año en el mundo del ciclismo. Empezó muy bien, pero rápidamente llegaron las polémicas extradeportivas. A continuación, analizamos su último curso con el 
UAE Team Emirates XRG y el fichaje por el 
Lidl-Trek.
 Ayuso comenzó fuerte, con un 10º puesto en la Faun-Ardèche Classic para arrancar los motores y ganando la Faun Drome Classic y el Trofeo Laigueglia la misma semana. Encadenó con la Tirreno-Adriatico, siendo segundo en la contrarreloj inicial, ganando una etapa y llevándose la clasificación general final por delante de corredores como Filippo Ganna, Antonio Tiberi o Derek Gee.
Cerró su mes de marzo y preparación para el Giro de Italia con un 2º lugar en la Volta a Catalunya. Después de haber sumado una victoria y ser líder hasta la última jornada, perdió la carrera el día final frente a Primoz Roglic. Aún así, llegaba a la Corsa Rosa como uno de los dos grandes favoritos a llevarse la maglia rosa, precisamente a la par del esloveno sobre el papel.
El Giro arrancó muy bien, tanto para él a nivel individual como sobre todo para el UAE como equipo. El catalán había conseguido un triunfo de etapa y era segundo en la clasificación general, solamente por detrás de su compañero Isaac del Toro. Pero empezaron los problemas, las caídas, una picadura de avispa... y terminó abandonando la prueba durante la 18ª etapa.
Un final de temporada marcado por la polémica
Después de 2 meses sin competir, se presentó a la Clásica de San Sebastián, donde finalizó en una muy discreta 39ª posición. Al día siguiente, disputó el Circuito de Getxo y fue segundo, siendo solo superado nuevamente por su escudero, el mexicano Isaac del Toro. Con este par de días de competición, llegó a la Vuelta a España, sustituyendo a Pogacar, que venía de ganar el Tour.
Tras la crono por equipos ganada por el UAE, se colocó segundo y empezamos a pensar que podría darle guerra a Jonas Vingegaard junto a João Almeida. Sin embargo, nada más lejos de la realidad, el día después perdió una minutada por primera vez. Esto no le impidió ganar en la semana inicial, demostrando que estaba más para las victorias de etapa que para la general.
Juan Ayuso ganó dos etapas en la Vuelta a España 2025
Pero las críticas se cebaron con él, calificándolo de mal compañero de equipo. Y es que se quedaba pronto los días de montaña y no ayudaba a Almeida, que estaba bien posicionado en la general. Podría haber puesto la excusa del cansancio, aunque cuando se escapaba era el mejor. Y volvió a levantar los brazos en línea de meta por segunda ocasión en la 12ª jornada.
A partir de ahí, su Vuelta se resumió a terminarla, mientras que se anunciaba su salida del equipo al final de la temporada 2025. Finalmente, se supo que lo acogería el Lidl-Trek, una formación plagada de talento con numerosos ciclistas de máximo nivel. La Vuelta fue su última competición con el UAE y ya únicamente le quedaban los compromisos con la selección española.
Fue el representante número uno, tanto en el Mundial de Ruanda como en el Campeonato de Europa en Francia. Fue octavo en Kigali, por detrás de Tadej Pogacar, Remco Evenepoel, Ben Healy, Mattias Skjelmose, Toms Skujins, Giulio Ciccone e Isaac del Toro, y sexto en Bretaña, tras Pogi, Remco, Paul Seixas, Christian Scaroni y nuevamente Skujins.